El origen de El Cuadrón está vinculado al paso de varias vías pecuarias, entre las que destacaba la Cañada Real Segoviana. En el siglo XV los judíos eran dueños de importantes posesiones en las fértiles tierras de las cercanías del Lozoya. Al ser expropiados tras su expulsión de España, esos terrenos sirvieron a gentes venidas de Garganta para asentarse en lo que hasta ese momento había sido apenas un caserío, formándose el núcleo poblacional de El Cuadrón. Durante siglos su estatus varió entre el de caserío y pueblo, pero siempre perteneciendo a la jurisdicción de Garganta.

Durante el siglo XVIII se le conoció con el nombre de Clevadrón, modificándose posteriormente a El Cuadrón, tal y como se denomina en la actualidad.

En el siglo XIX uno de sus motores económicos fue la explotación de sus minas de blenda, ubicadas a la entrada del pueblo y actualmente selladas.